Причинами отказа в выдаче загранпаспорта, если все документы оформлены правильно и поданы в правильно выбранный орган миграционной службы, может послужить ограничение права лица на выезд с территории России. Среди обстоятельств, могущих вызвать такое ограничение, есть те, что имеют уголовно-процессуальный характер. Если не выпускают из страны лиц, осужденных за совершение преступления, но только до тех пор, пока они не отбыли наказания. Раз ваша судимость погашена, то отказ от выдачи загранпаспорта именно по этой причине вам не грозит.